Дрожжи, вероятно, одни из наиболее древних «домашних организмов» принято считать дрожжи. Они использовались людьми для ферментации и выпечки на протяжение тысячи лет. Жернова и пекарни были найдены археологами среди руин древнеегипетских городов, а также изображение пекарей и пивоваров. Есть предположения о том, что пиво египтяне начали варить за 6000 лет до н. э., а к 1200 году до н. э. овладели технологией, которая позволяла им выпекать дрожжевой хлеб наряду с выпечкой пресного. Для начала сбраживания нового субстрата люди использовали остатки старого. В результате в различных хозяйствах столетиями происходила селекция дрожжей и сформировались новые физиологические расы, не встречающиеся в природе, многие из которых изначально были описаны как отдельные виды. Эти расы считаются такими же продуктами человеческой деятельности наравне с сортами культурных растений.

Учёным, установившим роль дрожжей в спиртовом брожении является Луи Пастер.

Голландский натуралист Антони ван Левенгук в 1680 году впервые увидел дрожжи в оптический микроскоп, но из-за отсутствия движения он не смог распознать в них живые организмы. Французский естествоиспытатель Шарль Каньяр де Ла-Тур в 1838 году экспериментально доказал, что дрожжи являются не просто химическими веществами, а живыми организмами, способными расти и размножаться, с учётом того, что исходные вещества и продукты реакции являются простыми химическими соединениями. Однако выдающимися химиками Й. Берцелиусом, Ю. Либихом и Ф. Вёлером были отвергнуты его выводы. Лишь в 1857 году была доказана правота выводов Каньяра де Ла-Тура французским микробиологом Луи Пастером в работе «Mémoire sur la fermentation alcoholique». Пастер неоспоримо доказал, что спиртовое брожение является не просто химической реакцией, как считалось ранее, а биологическим процессом, производимый дрожжами.

Работник лаборатории датской компании Carlsberg Эмиль Христиан Хансен в 1881 году выделил чистую культуру дрожжей, а после в 1883 году впервые использовал её для получения пива вместо нестабильных заквасок. В конце XIX века при участии Хансена была создана первая классификация дрожжей. А уже в начале XX века появились определители и коллекции дрожжевых культур. Во второй половине XX века наука о дрожжах (зимология) помимо практических вопросов стала также уделять внимание экологии дрожжей в цитологии, природе, генетике.

Учёные наблюдали только половой цикл аскомицетных дрожжей и рассматривали их, как обособленную таксономическую группу сумчатых

грибов (аскомицетов) вплоть до середины XX века. В 1969 году японскому микологу Исао Банно удалось индуцировать половой цикл размножения у вида Rhodotorula glutinis, который является базидиомицетом. Современные молекулярно-биологические исследования показали, что дрожжи сформировались независимо среди аскомицетных и базидиомицетных грибов и представляют собой не единый таксон, а скорее жизненную форму.

Saccharomyces cerevisiae стал первым эукариотическим организмом официально 24 апреля 1996 года, чей геном (12 млн пар оснований) был полностью секвенирован. Секвенирование заняло 7 лет, и в нём принимали участие более 100 лабораторий. В 2002 году следующим дрожжевым организмом и шестым эукариотом с полностью расшифрованным геномом стал Schizosaccharomyces pombe с 13,8 млн пар оснований.